Durch den Ort geht die Straße HRO46, welche auf der Südwestseite an der Düne entlang zur Personen- und Autofähre nach Warnemünde führt. Auf der Nordostseite geht sie durch den Wald der Rostocker Heide und mündet in Hinrichshagen in die sog. Bäderstraße L22, die etwa parallel zur Küste verläuft.
Nach Süden geht es hier in Richtung Rostock. In nördlicher Richtung gelangt man auf der Bäderstraße nach Graal-Müritz und von dort weiter nach Ribnitz-Damgarten und zur Halbinsel Darß.
Zwei Anschlußstellen der Autobahn A19 sind von Markgrafenheide etwa gleich weit entfernt. Die Anschlußstelle Rostock-Nord bei Neu Hinrichsdorf ist über die Bäderstraße gut zu erreichen. Das ist auch die kürzeste Strecke zum Seehafen Rostock, wo sich auch die Fähranleger der großen Autofähren nach Skandinavien befinden.
Über die B105 kommt man zur Anschlußstelle Rostock-Ost in Bentwisch. Auf dieser Strecke gibt es aufgrund der hohen Verkehrsdichte oft Staus.
Über die A19 gelangt man nicht nur nach Berlin, sondern auch zum Autobahnkreuz Rostock. Hier kreuzt die A20, auf der man schnell Stralsund und die Insel Rügen oder die Städte Wismar, Lübeck und Hamburg erreicht.
Die A19 ist auch die beste Strecke, wenn man zum Flughafen in Laage gelangen möchte.