Markgrafenheide hat keine Seebrücke. Dadurch ist der Ort von der Ostsee-Seite her nicht mit Schiffen und Segelyachten erreichbar. Am Strand kann man jedoch mit kleinen Booten anlanden.
Wer mit Sportbooten die Warnow herab kommt und in den Breitling gelangt, kann den Ort zumindest theoretisch auf dem Wasserweg anfahren. Dazu muß er auf der Ostseite des Breitlings beim Schnatermann in den Radelkanal fahren, anschließend den Radelsee (Tiefe rund 1 m) nach Norden überqueren und in den Moorgraben fahren.
Der Moorgraben ist nur etwa 0,5 m tief und besitzt keine öffentlichen Liegeplätze. Man kann also nur am unbefestigten Ufer des Radelsees anlegen und muß sich dann die 200 m bis Markgrafenheide durch das Schilf bahnen.
Alternativ kann man sein Boot beim Schnatermann festmachen. Er liegt an der Mündung des Radelgrabens in den Breitling. Von dort kann man nach Markgrafenheide durch den Wald wandern oder mit einem gemieteten Boot dorthin paddeln.
Bitte beachten: Der Breitling gehört zum Naturschutzgebiet Rostocker Heide. Es gelten Einschränkungen für das Befahren mit Motorbooten.